La enorme riqueza patrimonial de las Cuevas de Nerja hizo que, un año después de su apertura al turismo, fuera declarada Monumento Histórico Artístico, según Decreto nº 988, de 25 de mayo de 1961 y, posteriormente, Bien de Interés Cultural, en virtud de la Ley 16/1985 del Patrimonio Histórico Español de 25 de junio de 1985.

En 2006, las Cuevas de Nerja es declarada Bien de Interés Cultural con categoría de Zona Arqueológica, según Decreto nº 194, de 31 de octubre de 2006.