La superficie total de la cueva es de 35 484 m² y el volumen total: 64 379 m³. Está constituida por tres zonas principales:

Galerías turísticas superficie 9371 m², volumen 106 286 m³

Sala de los fantasmas
Sala del Belén
Sala de las cascadas
Sala del Cataclismo
Sala de la Torca

Galerías altas

Sala de las columnas de Hércules
Sala de la inmensidad

Galería de los Niveles
Sala de los Peces

Galerías nuevas
Sala de la lanza
Sala de la montaña

Se han realizado diversas expediciones para conocer en su totalidad la cavidad y sus distintas galerías. En 1969 se descubrió un estrecho paso en la sala del Cataclismo. Este paso propició un magnífico hallazgo, las llamadas galerías altas y las galerías nuevas, cuyas espectaculares formaciones y restos prehistóricos, aún no pueden ser contemplados por el visitante.

A lo largo de todos estos años, la Fundación Cueva de Nerja ha promovido el estudio e investigación de la Cueva, constituyendo el Comité Científico formado por geólogos, biólogos, arqueólogos, paleontólogos, etc., realizando congresos, estudios fotográficos, mejoras en equipamientos y actividades culturales.

En 2012 se han datado en 42 000 años de antigüedad algunos restos orgánicos asociados a unas pinturas de focas que podrían ser la primera obra de arte conocida de la historia de la humanidad.1 De confirmarse podrían ser las pinturas más antiguas de la humanidad, además realizadas por neandertales.

Bien de interés cultural
La enorme riqueza patrimonial de la Cueva de Nerja hizo que, un año después de su apertura al turismo, fuera declarada Monumento Histórico Artístico, según Decreto nº 988, de 25 de mayo de 1961 y, posteriormente, Bien de Interés Cultural, en virtud de la Ley 16/1985 del Patrimonio Histórico Español de 25 de junio de 1985.

En 2006, la Cueva de Nerja es declarada Bien de Interés Cultural con categoría de Zona Arqueológica, según Decreto nº 194, de 31 de octubre de 2006.